| 自序 |
| 序一 |
| 序二 |
| 序三 |
| 序四 |
| 序五 |
| 凡例 |
| 卷一·医学溯源 |
| 养生 | 稽古 | 阴阳 | 水火 | 生克 |
| 运气 | 脏腑（附：腔子、脂膜) | 经络（附：骨、筋、爪、皮、肌、肉、腠理、窍) |
| 卷二·医学溯源 |
| 望色 | 聆音 | 辨脉 | 审证 | 治法 |
| 医则 | 病箴 |
| 卷三·伤寒提钩 |
| 伤寒提钩 |
| 卷四·伤寒析疑 |
| 倒序 | 错简 | 传误 | 脱佚 | 衍文 |
| 字讹 | 注辨 | 方考 | 会通 | 问难 |
| 阙疑 |
| 卷五·杂证汇参 |
| 伤风 | 暑 | 湿 | 燥 | 温热 |
| 疫 | 斑疹痧 |
| 卷六·杂证汇参 |
| 中风 | 类中 | 虚劳 | 血证 | 吐咳血 |
| 衄血 | 便血 | 溺血 |
| 卷七·杂证汇参 |
| 脾胃 | 饮食 | 噎隔反胃 | 呕吐（附吐矢) | 吞酸 |
| 呃 | 三消 | 嘈杂 | 关格 | 郁 |
| 卷八·杂证汇参 |
| 疟 | 肿胀 | 痞满 | 积聚 | 疸 |
| 霍乱 | 痧胀 |
| 卷九·杂证汇参 |
| 痢 | 泻（附肠鸣) | 大便 | 小便 | 遗精 |
| 淋浊 | 阳痿 | 疝 | 脱肛 |
| 卷十·杂证汇参 |
| 痰 | 饮 | 咳嗽 | 喘（附短气少气) | 哮 |
| 喑 | 惊恐怔忡 | 健忘 | 不寐（附欠) | 癫狂痫 |
| 厥 | 肝风 | 眩晕 | 汗 |
| 卷十一·杂证汇参 |
| 面 | 脑 | 须发眉 | 目 | 口（附唇) |
| 舌 | 齿 | 鼻（附嚏) | 耳 | 咽喉 |
| 头痛 | 颈项强痛 | 肩背臂痛 | 心胃痛 | 腹痛（附脐痛) |
| 胁痛 | 腰腿痛 | 诸痛 |
| 卷十二·杂证汇参 |
| 痉 | 痿（附拘挛、瘫痪) | 痹（附麻木、痒、鹤膝风) | 脚气 | 胸痹 |
| 肺痹 | 肺痿肺痈 | 诸虫 | 邪祟 | 诈病 |
| 补遗 |
| 卷十三·女科原旨 |
| 月经 | 求嗣 | 带下 | 崩漏 | 胎前 |
| 堕胎半产 | 临产 | 产后 | 杂病 |
| 卷十四·幼科集要 |
| 纲领 | 初生 | 胎证 | 惊风证治总论 | 杂病 |
| 卷十五·痘疹精华 |
| 痘科纲领 | 因期施治 | 证治要略 | 余义 | 疹 |
| 卷十六·方药备考 |
| 方论 | 内经方论 | 伤寒方论 | 杂证方论 | 药略 |
