神为人身“三宝”之一，虽历代医家皆有论述，但气功古籍所载尤详。丹道书中义将其分为先天与后天，先天之神又弥“元神”。元，有本无、根本、原始之义。元神是指与生俱来的禀受于先天的神气，与出生后由外景事物为心所任而逐渐产生的后天识神、欲神有着本质的区别。正如张伯端所说：“夫神者，有元神焉，有欲神焉。元神者，乃先天以来"点灵光也；欲神者，乃后人所染气禀之性也”（《青华秘文》)。近人张锡纯也说：“元神者，无思无虑，自然虚灵也；识神者，有思有虑，灵而不虚也”（《医学衷中参西录•人身神明诠》)。
神本原于先天父母之精。《灵枢•本神》说：“生之来，谓之精，两精相搏谓之神。”《灵枢•天年》又说：“血气已和，荣卫已通，五脏已成。神气舍心，魂魄毕具，乃成为人。”意即父母媾精结胎成形之后，神气舍心才产生生命。此神为出生前尚未被后天所染之神，故当指元神而言。正如《性命圭旨全书》所说：“父母媾精之后，一点灵光……元从太虚中来者，我之元神也。”
元神所以在丹道书中论述较详，乃因古代内丹家在炼养实践中体验总结而成。元神是先天之性，又称“元性”、“真性”，因其不是思虑之神（即意念活动)，故表现如婴儿不识不知而又具备感觉、灵动的状态。气功态下，人处于恬淡虚无的境界，此时呼吸绵绵，若存若亡，无思无虑，飘飘欲仙，恍恍惚惚，这一状态即乃元神所现。正如《黄庭外景经》石和阳注：“元神者，心中之意，不动不静之中活活泼泼时是也。”《脉望》说：“内念不萌，外想不入，独我自主，谓之元神。”〈武术汇宗》说：“此神亦谓之本性，亦谓之真意，其心必要清清朗朗，浑浑沦沦，无一毫念虑，无一毫觉知，则空洞之中，恍惚似见元神悬照于内，斯时殊觉五蕴皆空，四体皆假，而我有真我也。”其实，〈老子》所言“载营魄抱一能无离，专气致柔能婴儿，涤除玄览能无疵，爱民治国能无为，天门开阖能无雌，明白四达能无知，”正是描述元神所主宰的出命活动状态。
先天元神与后天识神、欲神的关系是对立统一的。“欲神者，气质之性也；元神者，先天之性也”；“元性微而质性彰”（〈青华秘文〉)。人在少、长、壮、老的过程中，质性日彰，元性日微，结果欲神将掩盖元神，此乃“气质之性胜本元之性”；若杂念纷坛则元神即退，摒除杂念则元神即现，此乃“念止神即来，念动神即去”（〈养真集〉)一般人先天元神为后天识神所蔽，昼思夜梦如云遮月，因而元神隐退，识神常日主事。若能静定归一、无思无念，识神自然隐退，元神真性显现，此即佛、道两家之所谓见性。神本由心，心无为则元神之性现，心有为则欲神之性现，故张伯端说：“盖心者，君之位也，以无为临之，则其所以动者，元神之性耳；以有为临之，则其所以动者，欲念之性耳。行为者，日用之心；无为者，金丹之用心也”（《青华秘文〉)。
元神与元气、元精的关系非常密切。“元神见而元气生，元气生则元精产矣”（《青华秘文〉)。内丹修炼尤重元神，故《金丹四百字序》说：“炼神者，炼元神，非心意思虑之神。”内丹本的主导思想既为“返本还元”，故要求以先天制后天，从有为返无为，逐步消除气质之性。只要“气质尽而本无始见，本无见而后可以用事”；“以本元之性而用之，则气力先天之气也”；“先天之气纯熟，日用常行，无非本体矣，此得先天制后天无为之用也”（《青华秘文》)。从这一意义上讲，气功人静的锻炼过程，即为除欲神、炼元神的过程，这也是气功效应的关键所在。
有人从现代心理学的角度探讨元神，认为元神是人的一种无意识（潜意识)活动，但其并非是“未被意识到的意识”，而是与生俱来的带有明显自然属性的“原生无意识”，与出于后天生活经验的潜移默化逐步积累而成的无意识（如心理定势之类)不同，是个体的一种强大而原始的内驱力源，每个人的生命活动都在不知不觉中为它所左右，其生理基础是皮层下中枢，与真正的意识（识神)有着本质的区别。当练动者进入气功态后，意识活动暂停，于是所有监视、压抑原生无意识，使之不能活动的因素不再起作用，这种无意识就得以充分活动起来，它不仅能迅速激发体内之生理潜能，而且对人体的脏腑经络、气血阴阳等直接进行调节，使之“阴平阳秘”，从而使机体处于最佳功能态中，达到最佳练功效果。这便是元神论在气功学中的重要价值所在。
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