成年人肠套叠一般均有明显原因。多数在肠壁长有息肉、乳头状腺瘤或粘膜下脂肪瘤等。当蠕动波将肠壁肿块推向远端时，牵拉该段肠管一起套入远侧肠腔内而形成肠套叠。美克耳憩室亦可内翻入肠腔而引起肠套叠。成人肠套叠一般多发生在空肠或回肠。
常见的为6～12月幼儿的小儿肠套叠。一般无明显原因，因而称为自发生肠套叠。6～12月往往是幼儿断奶及改变食物的年龄。有人认为随着食物的改变肠道内细菌也起变化，易引起粘膜下Peyer斑炎症肿胀而诱发肠套叠。幼儿肠套叠大多发生在末段50cm回肠，该处Peyer斑也最多。
