系统性硬化症发病机制至今尚未完全明了，可能是在上述多种因素的作用下发生自身免疫反应，产生多种细胞因子，这些免疫介质刺激纤维母细胞，产生大量胶原及细胞外基质，沉积在组织中，并损伤血管内皮细胞，造成血管腔狭窄及闭塞。www.lindalemus.com
（1)结缔组织代谢异常大量的实验已表明，系统性硬化症患者中，促进胶原表达的细胞因子增多（如转化生长因子β，血小板源性生长因子等)，增加胶原和其他结缔组织大分子物质合成，沉积在结缔组织中，引起组织纤维化，出现皮肤和内脏损害的表现。www.lindalemus.com
（2)血管异常大多数患者在疾病早期出现雷诺现象，这与系统性硬化症很早就累及血管系统有关，在出现临床症状前已有血管系统的明显改变，可见毛细血管减少，血管及血管周围炎细胞浸润，小动脉血管内膜增厚、粘蛋白的沉积、血管中层萎缩变薄、血管外膜纤维化等。长期的损伤导致血管闭塞。同时血管内皮细胞的损伤和体内细胞因子共同作用促使动脉外的纤维形成，形成胶原套。www.lindalemus.com
（3)免疫功能异常细胞免疫功能在本病中起一定的作用：系统性硬化症患者体内T细胞产生的细胞因子可以促进纤维细胞产生胶原，同时还是成纤维细胞的趋化因子。另外自身抗体、细胞因子等多因素的共同作用会对血管内皮细胞产生损害，故体液免疫异常也与本病的发病有关。
