医患关系是民事法律关系中的合同关系，民事纠纷的解决一般有四种途径，即和解、调解、仲裁和诉讼。除仲裁在我国医疗纠纷中尚未实行外，其他三种方法已在处理医疗事故中广泛使用。
（一）医患双方协商解决 也即是和解，是医患双方根据《医疗事故处理办法》等规定，通过协商自行解决，这是当前普遍采取的行之有效的做法。它可以减少申诉和诉讼，有利于安定。但要防止出现患者一方索要高额补偿费或医方花钱买太平的情况。
（二）调解 它是由第三方参与主持来调停双方的纠纷。医患双方经过协商解决不成，对医疗纠纷的定性和处理不能达成一致意见时，任何一方均可在时效内向当地医疗事故鉴定委员会申请鉴定，卫生行政部门根据鉴定结果来主持调解，也可由消费者协会等部门来主持调解。
（三）诉讼 即一方将纠纷提交法庭，由法院来审查裁决。但诉讼方式比较费时、费精力，且有很多的规定。
1．时效。《医疗事故处理办法》对医疗事故申请鉴定或诉讼的时效未做确定，但有一些地方实施细则规定，应在不良后果发生后1年内提出，逾期不予受理。这和民法通则规定身体受到伤害要求赔偿的时效为1年是一致的。
2．不服鉴定结论的诉讼。《医疗事故处理办法》规定，双方当事人对医疗事故鉴定委员会的鉴定结论不服，均可在规定的时效内向上一级医疗事故鉴定委员会申请重新鉴定，也可直接向当地人民法院起诉。但是，根据最高人民法院《关于对医疗事故争议案件人民法院应否受理的复函》（1998年10月10日）的司法解释，如因对鉴定结论有异议向人民法院起诉的，人民法院不予受理。
3．病员方的诉讼选择。对医疗争议病员方的投诉选择，根据最高人民法院发布的有关人民法院如何受理医疗事故争议案件的司法解释，即《关于对医疗事故争议案件人民法院应否受理的复函》（1989年10月10日）、《关于当事人对医疗事故鉴定结论有异议又不申请重新鉴定而以要求医疗单位赔偿经济损失为由向人民法院起诉的案件应否受理问题的复函》（1990年11月7日）、《关于适用中华人民共和国民事诉讼法若干问题的意见》（1992年7月14日）、《关于对"当事人以卫生行政部门不履行法定职责为由提起行政诉讼人民法院应否受理"的答复》（1995年6月14日）等文件，可分为以下几种情况：
第一，病员及其家属对医疗事故技术鉴定委员会会做出的医疗事故结论没有意见，仅因要求医疗单位就医疗事故赔偿经济损失向人民法院提起诉讼，人民法院应予受理（民事诉讼案件）。
第二，当事人对医疗事故鉴定结论虽有异议，但不申请重新鉴定，而以要求医疗单位赔偿经济损失为由向人民法院起诉的，如符合民事诉讼法有关规定，人民法院应作为民事案件受理。
第三，如果当事人对卫生行政机关做出的医疗事故处理决定不服，依法向人民法院提起行政诉讼，人民法院应当受理（行政诉讼案件）。
第四，医疗事故鉴定委员会已作出不属于医疗事故的最终鉴定，卫生行政部门对医疗争议拒绝作出处理决定，当事人以不履行法定职责为由，依法向人民法院提起行政诉讼，人民法院应予受理（行政诉讼案件）。
上述情况可见，最高人民法院的司法解释规定，人民法院受案并不受医疗事故鉴定结论或是否经过最终鉴定程序所限。但有些地方实施细则规定，医疗争议要向人民法院提起诉讼必须经由医疗事故最终鉴定，且在接到最终鉴定书后15日内作出。
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