第二阶段根据各学科特点进行二级或三级学科培训。进一步加强本专业的“三基”训练，主要从事本专业临床工作，安排一定的门、急诊和实验室工作。打好本专业的临床工作基础，担任总住院医师或相当的医疗行政管理工作半年以上，并安排适当时间参加基层预防保健工作。
医学理论：巩固本学科各专业知识，熟练掌握本专业常见病的相关理论，学习专业必修课和选修课。
临床技能：通过专科培训，能熟练掌握本专业常见病诊疗技术，能完成专科病房高年住院医师工作，如承担专科院内会诊，带教实习医师晚查房等.专业外语医.学全在.线提供.，每小时能笔译外文专业书刊 3500 个印刷符号以上。
论文：结合本专业临床工作完成一篇论文。
（二)住院医师培训的第一阶段实行科室领导负责与上级医师指导的培训方法，第二阶段可实行科室领导负责与专人指导相结合的培训方法。培训期间要重视医德医风教育，做到理论知识、临床工作能力和教学科研能力相结合，基础培训和专科培训相结合。
四、考核
（一)考核项目：政治思想、医德医风，完成大纲要求的临床实践时间、病种和病例、医学理论、临床技能、病历质量、专业外语，临床科研能力、临床教学能力等。
（二)考核类型：
1 ．轮转考核，住院医师每轮转完一个科室，由该科主任主持，按照大纲要求，对住院医师在本科室轮转期间的学习和工作情况进行考核，并在培训手册上记录。
2 ．阶段考核；住院医师完成第一阶段培训后医.学全在.线提供.，由医院负责组织有关部门对其进行本阶段各项培训内容考核并在培训手册上记录。
3 ．综合考核：住院医师完成全部培训计划后，由各省、直辖市、自治区卫生厅（局)及部直属院校组织有关部门对住院医师在培训期间的全面情况进行综合考核。考核合格者可取得住院医师规范化培训合格证书。
五、实施：
各学科按照培训大纲的细则实施。
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