病因及传染途径
痢疾杆菌是革兰染色阴性的短杆菌。按抗原结构和生化反应可分为四群。福氏菌（Shigella flexneri)、宋内氏菌(Sh.sonnei)、鲍氏菌（Sh.boydii)和志贺氏菌（Sh.dysenteriae)。所有痢疾杆菌均能形成内毒素，志贺氏菌除内毒素外，还可产生外毒素。现用Ipa质粒抗原和志贺毒素（ShT)基因作PCR测定，为快速诊断开辟了新的徐径。
菌痢患者和带菌者是本病的传染源。痢疾杆菌从粪便中排出后，可直接或间接（通过苍蝇等)污染食物、饮水、食具、日常生活用具和手等，再经口传染给健康人。食物和饮水的污染有时可引起菌的暴发流行。
发病机制
痢疾杆菌经口进入消化道后，在抵抗力较强的健康人可被胃酸大部分杀灭，即使有少量未被杀灭的病菌进入肠道，亦可通过正常肠道菌群的拮抗作用将其排斥。此外，在有些过去曾受感染或隐性感染的患者，其肠粘膜表面有对抗痢疾杆菌和特异性抗体（多属分泌性IgA)，能排斥痢疾杆菌，使之不能吸附于肠粘膜表面，从而防止菌痢的发生。而当人体全身及局部抵抗力降低时，如一些慢性病、过度疲劳、暴饮暴食及消化道疾患等，即使感染小量病菌也容易发病。
痢疾杆菌侵入肠粘膜上皮细胞后，先在上皮细胞内繁殖，然后通过基底膜侵入粘膜固有层，并在该处进一步繁殖，在其产生的毒素作用下，迅速引起炎性反应，其强度与固有层中的细菌数量成正比，肠上皮细胞坏死，形成溃疡。菌体内毒素吸收入血，引起全身毒血症。
中毒型菌痢大多发生于儿童，其发病机制尚未查明，可能因患者为特异体质，故对细菌毒素呈强烈过敏反应。
